Sembra che il territorio di San Sebastiano appartenesse al monastero intitolato al Santo, una prova ne è data dal fatto che il 7 dicembre del 963 l'abate del Monastero concesse in fitto ad un certo Sergio figlio di Sparano, un campo del monastero, presso Arignano.

I religiosi diffusero il culto del Martire nella zona. E dovette essere proprio la forza di un'antica tradizione culturale a determinare nella seconda metà del secolo XVI, la scelta di San Sebastiano quale protettore del paese. Ma la tradizione del culto dovette essere ancora più forte nella scelta del nome da dare al paese che si formò in seguito ad una secessione da Massa di Somma.

Il distacco da Massa avvenne quasi sicuramente durante la dominazione Angioina di Napoli, comunque dopo il 1276. Risale a quell'anno infatti l'intervento di Carlo D'angiò il quale scacciò dai casali di Massa, Trocchia, Pollena e Somma i precedenti possessori.

Ma non è escluso che il distacco fosse già avvenuto in precedenza.

Qualche storico infatti sostiene che già nella prima metà del secolo XIII, durante la dominazione normanna, San Sebastiano fosse casale e appartenesse alla città di Napoli. E sul fatto che
già allora avesse una università "autonoma" non si può sbagliare perchè Massa di Somma, verrà da quel momento citata sempre nei documenti come casale di Somma, facente parte quindi di un'altra giurisdizione